廈門大學眼科研究所：廈門大學眼科研究所成立于2007年，是一個集眼科臨床與基礎研究、人才培養、眼科新技術與新產品開發于一體的專業研究機構，是福建省眼科與視覺科學重點實驗室依托單位。
廈門大學眼科研究所現有基礎研究團隊60余人，臨床研究團隊70余人。擁有包括中組部千人計劃特聘教授，長江學者特聘教授，廈門大學外籍講（客）座教授，廈門大學專任教授，副教授，講師、實驗技術專家、博士后研究人員、訪問學者、研究生等各級專業研究人員，人才梯隊完整，結構合理，是一個朝氣蓬勃，充滿激情，勇于創新的研究團隊。廈門大學眼科研究所目前主要研究方向包括淚液與眼表面疾病的發病機理與治療，角膜組織工程，眼部新生血管性疾病的發生機理與治療，角膜緣干細胞移植的基礎與臨床，角膜免疫，近視眼的病理機制與治療，年齡相關性黃斑病變，以及糖尿病角膜視網膜病變等方面的研究。各研究方向在深入探討眼部生理、病理的同時，注重基礎研究與臨床應用的緊密結合，力圖通過基礎研究闡明疾病本質，探尋新的臨床治療方法。

廈門大學附屬廈門眼科中心轉化醫學研究所：致力于我國重要致盲眼病的臨床與轉換醫學研究，解決臨床重要科學問題，提高診療水平，降低致盲率，形成以轉化型醫學為基礎的視覺損傷與修復的視覺科學研究和以臨床解決疑難或爭議性問題為中心的臨床研究基地。鑒于眼內液的免疫炎癥確認和致病微生物鑒定是國內眼科的空白，轉化醫學研究所已建立炎免疫系統、微生物、基因和蛋白多重檢測、免疫病理等檢測平臺，為眼科臨床的免疫性疾病、細胞因子、眼內淋巴瘤、眼結核等疾病的診斷和疾病轉歸提供了證據。

廈門眼科中心于2011年6月經福建省畢業后醫學教育委員會專家評審，認定為福建省住院醫師規范化培訓基地。2012年經國家衛計委評審廈門眼科中心被認定為國家臨床重點專科。國家臨床重點專科的入選學科代表了我國醫療技術和管理水平，具有醫療能力強、醫療質量高、管理規范等特點，在臨床醫療服務體系中居于技術核心地位，也是推廣臨床技術、開展臨床科研、培養臨床人才的重要基地。它是國內醫療行業的最高榮譽，廈門眼科中心成功入選意義非凡。國家臨床重點專科是一張通行證，代表著醫院綜合實力正式躋身國家前列；它是一張榮譽證書，證明醫院達到了國內眼科行業的最高規格；它也是一封感謝信，是國家代表眾多患者對醫院十幾年來為光明事業不懈努力的充分肯定。

廈門大學附屬廈門眼科中心為三級甲等專科醫院，年門急診量42萬人次、手術 4萬余例，住院患者73%來自廈門以外地區。主持及參與19項國際項目，其中6項為NIH資助項目，獲得973、863、國家重點研發計劃、國家自然科學基金37項，省市級課題85項，省部級科技進步一等獎三項，發表IF5.0分以上SCI文章32篇。2014年度中國醫院科技影響力排行榜-眼科學排行前十。中心具有包括劉祖國（亞洲干眼學會候任主席）、黎曉新（亞太視網膜學會主席）、龐繼景（國際眼科基因治療專家）、趙堪興、葛堅等多名具有國際影響力的專家，設有八個亞專業平臺，建立了完備的臨床研究人才體系。參與我國37個多中心研究，其中3個為國際多中心研究，17個任全國總PI。參與起草3個國際及亞洲指南，主持制定我國眼科7個指南和8個共識。已形成16家醫院組成的臨床多中心研究團隊，創建了分布于全國大部分省、市（包括西藏、新疆等邊遠地區）超過1000家臨床醫療機構的臨床研究協作網絡。

（1）英國利物浦大學糖尿病視網膜病變篩查人工智能研發合作平臺

（2）新加坡全國眼科中心的姐妹中心

（3）新加坡眼科研究所合作研究中心

1997年，廈門眼科中心就與新加坡全國眼科中心結為姐妹中心，并成為新加坡眼科研究所的合作研究中心，兩院定期互派醫護人員進修學習。2006年，成為美國Nebraska大學醫學院合作研究中心和廈門大學附屬廈門眼科中心，這些高校為中心眼科新技術的研究提供了更好的平臺。 2019年與英國利物浦大學簽署糖尿病視網膜病變篩查人工智能研發合作協議。此外，還多次組織臨床醫生赴美國、德國等國的大學及眼科醫療機構研修，促使醫師的科研視野、技術水平與現代化接軌。

中國優生優育協會廈門搖籃工程眼科示范基地于2002年11月22日在廈門眼科中心成立，這是我國第一個搖籃工程眼科示范基地。旨在以胎嬰幼兒視覺發育和眼睛保健等為中心，積極開展胎嬰幼兒視覺發育的科學指導和預防保健，并對有關疾病進行診斷治療，通過科學研究、技術開發成果推廣應用，對全國進行示范指導。

2017年4月1日上午，在迎來廈門眼科中心創辦20周年之際，由廈門大學附屬廈門眼科中心主辦的“第三屆華廈眼科國際論壇暨第六屆國際葡萄膜炎研討會”在廈門舉行。論壇開幕式上，“廈門眼科中心轉換醫學研究所”正式揭牌。

廈門眼科中心轉換醫學研究所由華廈眼科醫院集團斥資五千萬在五緣灣新院區設立，由我國著名的眼底病專家、博士生導師、廈門眼科中心院長黎曉新教授領銜，創新研究模式，重點關注國內亟須解決的眼科科學研究問題，通過人才引進建立了病原微生物的分子診斷、眼內液的免疫檢測、血液淋巴分型和免疫病理平臺，創新性推動眼科基礎研究的臨床轉換，形成以轉化型醫學為主導的視覺科學研究基地。

2017年在廈門大學附屬廈門眼科中心主辦的“第三屆華廈眼科國際論壇暨第六屆國際葡萄膜炎研討會”上，華廈眼科醫院集團還出資五千萬設立面向眼科界的“轉化醫學青年基金”，助力高端眼科醫療人才的引進和培養，鼓勵青年眼科醫師提高科研能力，重視和發展科學研究，推動中國眼健康事業的可持續發展。

廈門眼科中心已成功舉辦了五屆華廈眼科國際論壇， 2019年6月1日在廈門國際會展中心舉辦了第五屆華廈眼科國際論壇，邀請國內外知名專家，交流新技術、新理念，每年到會300-600人，在業內形成較好的影響力。